بر اساس تحلیل بیانات و تدابیر امام خامنه‌ای، مسیر انقلاب اسلامی در افق بلندمدت، پایه­ گذاری تمدّن نوین اسلامی در جهان است که بی­تردید این کار، نیاز به بلندهمتی، برنامه‌ریزی، سازماندهی و مدیریت دارد. ایشان در مراسم میثاق دانشگاه امام حسین(ع) خطاب به جوانان فرمودند: آینده‌ى دور، ایجاد تمدّن اسلامى است. ... و شما هسته­ هاى مهم و اساسى و اصلى، در ایجاد این تمدّن‌اید.

دانشگاه  جامع امام حسین (علیه السلام) در نگاه معظم‌له از چنان جایگاه بالایی برخوردار است که آن را «کانون امیدی جوشان برای آینده­ی انقلاب» می‌دانند. مجموع انتظارهای فرمانده معظم کل قوا از این دانشگاه، در سخنان فرمانده محترم کل سپاه به این شکل منعکس شده است:

این دانشگاه باید پیشرو سپاه، اتاق فکر و کمک­دهنده به مدیریت سپاه باشد، دانشگاه مورد نظر امام خمینی(ره) و امام خامنه‌ای(مدظله) که تضمین­کننده­ی آینده­ی انقلاب است، باید دانشگاهی باشد که دغدغه­ی انقلاب اسلامی را داشته و پرچم‌دار علم و دانش باشد. سال‌ها از بیانات و انتظاراتی که مقام معظم رهبری از دولت و مسئولان نظام دارند و آنها را بیان کرده‌اند، می‌گذرد در حالی که تلاش مؤثری برای تحقق آن در کشور مشاهده نمی‌شود. امید است سپاه بتواند در این عرصه هم، نقش پیش‌روندگی و پیش‌برندگی همیشگی خود را ایفا کند. دانشگاه باید افراد را به سطحی از علم، عرفان، معرفت و بصیرت برساند که آنان در راه خدا تا سر حد شهادت تلاش و مجاهدت کنند. دانشگاه دفاع مقدس، بیش از هر دانشگاه دیگری این افراد را تربیت کرد؛ اما آن فضا و صحنه‌ها منحصر به فرد بود. دانشگاه‌های ما باید تلاش کنند فضایی انسانی- الهی برای تربیت نسل‌های نو ایجاد کنند. لذا معلم باید بتواند به گونه‌ای دانشجو را تربیت کند که درجه­ی تقوا و تزکیه­ی دانشجو در کنار مسائل علمی بالا برود؛ یعنی همان علم و راهی که خداوند به شهدا می‌دهد. انتظار تحول تعالی­بخش از دانشگاه جامع امام حسین(ع) و سپاه این است که منجر به نمونه­ی عینی دانشگاه اسلامی مورد انتظار حضرت امام(ره) و امام خامنه‌ای(مدظله) شود. در حال حاضر، ما چه بخواهیم و چه نخواهیم، در دنیا الگو شده‌ایم و چشم همه­ی کشورهایی که در حال تغییر و تحول و به دنبال حاکم کردن اسلام هستند، به ماست تا الگویی به آنها ارائه دهیم. ما از سطح انتظاری که شهدا و امام شهدا برای ما تعریف کرده‌اند، فاصله زیادی داریم. رسیدن به این سطوح، اراده­ی جمعی و عزم راسخ و برنامه‌ریزی دقیق می‌خواهد.

با این حال، از زمان تأسیس دانشگاه تاکنون، فراز و نشیب­های زیادی رخ داده است. فهم تدابیر حکیمانه امام خامنه‌ای(مدظله) در خصوص این دانشگاه و شناخت انبوه انتظارهای برآورده نشده و فاصله‌ی عمیق وضع موجود دانشگاه با افق‌های بلند ترسیم شده توسط معظم‌له، این باور را به وجود آورده است که ایجاد تحول علمی و تعالی ‌معنوی، ضرورتی اجتناب‌ناپذیر برای تأمین نیازمندی‌های خاص تربیتی و دانشی سپاه در راستای تبدیل دانشگاه جامع امام حسین(ع) به معنای حقیقی کلمه به «دانشگاه سازمانی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی» و عرضه‌ی «الگوی دانشگاه تراز انقلاب اسلامی» به جهان است تا به فضل خدا، یکی از ارکان زمینه‌ساز تمدّن نوین اسلامی گردد.

این تحول، یعنی یک عمر کار که در آن، باید سه چیز مهم مشخص شود. اولاً، اهم این کارها چیست؟ ثانیاً، قرار است با چه هدفی انجام شود؟ ثالثاً، چگونه باید صورت پذیرد؟ در این خصوص باید مراقب بود همچون گذشته گرفتار بیراهه‌هایی مانند دنباله‌روی از نظام‌های تقلیدی رایج نشویم و با قرارگرفتن در جهت مأموریت‌های حال و آینده­ی سپاه و انقلاب اسلامی، جهاد اکبر سازمانی خود را که اصلی­ترین اقدام معنویت­افزا به‌شمار می‌رود، به نحو احسن انجام دهیم. غفلت از این امر، بی‌شک می‌تواند موجب شکاف راهبردی در مسیر حرکت گردد. این تغییرهای بنیادین، باید در همه ارکان، نهادینه شود تا با فعالیت‌های دانش­بنیان، بتوان سپاه را به یک نهاد حکمت­بنیان تبدیل نمود. امام خامنه‌ای(مدظله) در خصوص فلسفه‌ی وجودی دانشگاه می‌فرمایند:

این نیازهای سپاه است که دانشگاه امام حسین(ع) را معنا می‌بخشد و تفسیر می‌کند چه باشد، اگر دیدید نمی‌توانید در کادرسازی، سازماندهی و پشتیبانی همه‌جانبه مأموریت‌های سپاه مشکلی را حل کنید، از تعریف این دانشگاه خارج شده‌اید.

توجه به این تدبیر، مستلزم داشتن نگاهی جدید به تعریف دانشگاه است. برای این منظور، لازم است منابع زیر مورد بررسی قرار گیرند:

- مبانی دینی و منویات ولایت، به عنوان اساس، بنیان و محور تحول؛

- اسناد بالادستی، از جمله طرح جامع و اساسنامه دانشگاه، طرح تحول سپاه، سیاست­های ستاد کل نیروهای مسلح و اسناد ملی و سیاست‌های کلان کشور؛

- دانش روز و تجارب موجود، از جمله مطالعات محیطی در مورد دانشگاه­های سازمانی و حاکمیتی دشمن، مراکز علمی پیشگام کشور و نظرات ذی‌حقان، خبرگان و نخبگان دانشگاه و سپاه.

مبتنی بر این مبانی اعتقادی، مفاهیم و مفروض‌ها و با توجه به رسالت و اهداف تعیین‌شده، دانشگاه باید بتواند:

1-     در حوزه تربیت و کادرسازی برای پاسداری از انقلاب اسلامی پیشگام باشد؛

2-     با استفاده دانش ضمنی (تجارب میدانی و صحنه­ای منحصربه‌فرد)، دانش بومی مورد نیاز را برای توسعه­ی جامعه‌ی علمی کشور و انتقال آن به نسل­های آینده تولید نماید؛

3-     نقش شتاب‌بخشی به حرکت علمی کشور و جهت­دهی به آن را در راستای نیازهای پاسداری از انقلاب اسلامی به کمک اساتید متعهد و متخصص و دانشجویان نخبه و باانگیزه و استفاده از ظرفیت سایر مراکز علمی کشور و منطقه از طریق ایده‌ی هسته‌ی دانا و شبکه‌ی توانا تحقق بخشد.